Perguruan tinggi harus mampu menjamin pendanaan yang memadai bagi Program Studi Magsiter Ilmu Ekonomi untuk penyelenggaraan Tri Dharma Perguruan Tinggi serta peningkatan mutunya secara berkelanjutan. Usaha-usaha penggalangan dana oleh suatu perguruan tinggi harus mengacu pada visi dan misi perguruan tinggi tersebut, karakter perguruan tinggi sebagai badan hukum nirlaba serta tidak bertentangan dengan ketentuan perundang-undangan yang berlaku.
Prosedur pengelolaan keuangan Program Studi Magister Ilmu Ekonomi yaitu semua penerimaan yang bersumber dari Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara (APBN) disimpan atau disetorkan ke kas Negara (KPPN), Dana Masyarakat (bersumber dari SPP mahasiswa dan lain-lain) disetorkan ke Rekening Universitas, dan dimanfaatkan menurut keperluannya dengan mengacu kepada anggaran yang telah disahkan. Pimpinan Universitas menetapkan alokasi, batas alokasi anggaran misalnya bagian pembiayaan honorarium, kegiatan administrasi pemeliharaan, pengembangan staf dan lain-lain.
Dengan demikian Program Studi Magister Ilmu Ekonomi memiliki wewenang dan tanggung jawab penuh di dalam mengelola keuangannya, baik pemasukan dan pengeluaran yang dikeluarkan sesuai dengan kebutuhan yang ada agar proses belajar mengajar di kampus tersebut dapat terus berlangsung. Program Studi memiliki otonomi dalam pengelolaan kekayaan (sumber dana), yang disesuaikan dengan kebutuhan dengan memperhatikan prinsip efisiensi dan akuntabilitas. Pengelolaan dana diatur secara sentralistik melalui rambu-rambu, yang ditetapkan melalui suprastruktur pusat serta penetapan sumber-sumber dana secara biasa ini terbatas pada kewenangan menerima, menyimpan dan menggunakan dana yang berasal dari masyarakat.
Otonomi pengelolaan dana dimulai dari penyusunan rencana anggaran bersama, dengan mengacu kepada prinsip-prinsip akuntabilitas sebagai alat pengendali yang efektif dalam kegiatan pengelolaan dana. Melalui prinsip akuntabilitas tentang penerimaan dan pengeluaran dana yang dimanfaatkan untuk membiayai kegiatan akademik, baik program maupun layanan akademik. Dengan demikian, pengelolaan dana memerlukan model pengelolaan yang lebih tepat, akurat dan informatif, agar dapat mengelola dana yang jumlahnya terbatas menjadi lebih efektif dan efisien serta senantiasa mampu menyediakan informasi yang dibutuhkan.
Suatu model pengelolaan dana Prodi Magister Ilmu Ekonomi yang dapat meningkatkan kinerja pengelolaan, khususnya pada aspek-aspek penting seperti pengalokasian atau pembebanan, sehingga dapat mewujudkan tentang pengelolaan dana secara efektif dan efisien dalam mewujudukan akuntabilitas pengelolaan dana di lingkungan perguruan tinggi. Perguruan tinggi yang baik harus dapat menunjukkan sistem pengelolaan keuanganyang sehat, transparan, dan akuntabel.